现代中药是我市的首位度产业。《亳州市五大发展行动计划》提出，实施现代中药产业创新发展工程，实施“369”提升计划，提升产业层次，促进产业转型，加快现代中药产业集聚发展基地建设，奋力冲刺“双千亿”目标。
在实施现代中药产业创新发展工程中，我市将坚持中药材种植规模化、规范化、绿色化，巩固中药材种植规模，制定推广道地中药材种植规范，提纯复壮选育四大亳药品种，积极申报“道地中药材”地理标志产品，着力提高道地药材生产附加值和生产经营主体经济效益，培育“亳药”种植品牌。到2020年，全市中药材种植面积稳定在120万亩，标准化种植面积达50%以上。
在实施现代中药产业创新发展工程中，我市将坚持中药工业集群化、差异化、品牌化，延伸中药工业产业链，巩固中药饮片加工龙头地位，培育壮大中成药制造，加快中药食品及保健品研发和生产，发展先进医疗器械、药业机械产业，完善中药工业体系。到2020年，全市现代中药工业总产值达到1000亿元，现代中药规模以上工业企业数达到220家，主营业务收入超50亿元的大型医药集团2家、10亿元的20家、亿元以上的100家以上，力争2～3家中药企业在主板上市。
在实施现代中药产业创新发展工程中，我市将坚持药品流通精细化、信息化、标准化，建成现货交易、电子交易并重的中药材商品交易中心，建立中药材流通追溯体系，加强现代中药物流体系建设。到2020年，打造1～3家年销售额超过50亿元的龙头中药流通企业，中药商贸流通业交易总额突破1000亿元。